Jak każdy zabieg z zakresu medycyny estetycznej, stosowanie nici APTOS jest przeciwwskazane w niektórych grupach pacjentów. Są to standardowe sytuacje, w których generalnie nie powinno się wykonywać zabiegów z tej dziedziny. Należą do nich m.in.: aktywne choroby nowotworowe, choroby autoimmunologiczne, przewlekłe poważne choroby układu sercowo-naczyniowego, zaburzenia krzepnięcia oraz aktywne stany infekcyjne w obrębie skóry.